本校訂定「內部控制專案小組設置要點」，每學期定期召開會議，檢討各單位內部控制實施情形。另設置稽核室為專責稽核單位，並成立「國立雲林科技大學內部控制稽核小組」，協助各單位檢查及覆核內部控制制度實施。

2024年內部控制稽核計畫共針對16個項目進行稽核，其中包含1個專案稽核項目，合計提出30項改善措施或具體興革建議，並將於2025年持續追蹤各單位是否已經完成改善。關於追蹤改善情形，稽核室於2023年內部控制稽核計畫所稽核的19個內控項目，並提出共31項改善措施或具體興革建議，並於2024年完成追蹤改善率為77%。改善率較前一年度下降之原因主要為部分稽核建議涉及系統修正需要時間，但未完成部分將由稽核室持續追蹤到完成改善為止。由於內部控制稽核計畫主要都為事後查核，為強化內部控制運作提高查核效率，稽核室除於2024年參與資產經營管理組現場財產盤點複盤作業及監辦營繕組、事務組所辦理之工程、財物及勞務採購開決標作業外，也針對營繕組所辦理工程案件及事務組所辦理之財物採購案件實地參與驗收程序。也參與另主計室每年會至各單位進行現金及收據使用盤點的出納事務查核工作，同樣也會由稽核室一同參與查核工作。此外，為了提高內部控制制度的有效程度，稽核室針對本校各單位所作的內部控制自評作業進行複核，確保制度運作完善。稽核室針對每年各單位自評結果及內部控制稽核結果據以簽署本校年度內部控制聲明書，近三年皆是簽署「有效」層級。