為強化及確保內部控制制度持續有效運作，提升施政效能、依法行政及防杜財務弊端發生，本校訂定「內部控制專案小組設置要點」，每學期舉行一次會議，檢討各單位內部控制實施情形。內部控制專案小組每年度分別審議各業務單位之內控制度作業項目專案報告，提供改善意見，以降低經營風險。為協助各單位檢查及覆核內部控制制度實施，設置稽核室為專責稽核單位，並成立「國立雲林科技大學內部控制稽核小組」。

YunTech內部稽核係為落實自我監督機制，促使各單位達成行政目標，提升營運效能。依據彙整各單位各項控制作業風險係數表，以風險評估等級為高度風險之控制作業項目擬定稽核計畫。

2025年內部控制稽核計畫共針對18個內控項目進行稽核，合計提出20項改善措施或具體興革建議，並將於2026年持續追蹤各單位是否已經完成改善。關於追蹤改善情形，稽核室於2024年內部控制稽核計畫所稽核的16個內控項目，並提出共30項改善措施或具體興革建議，並於2025年完成追蹤改善率為90%，改善率較前一年度增加77%，針對未完成部分將由稽核室持續追蹤到完成改善為止。由於內部控制稽核計畫主要都為事後查核，為強化內部控制運作提高查核效率，稽核室除於每年持續參與資產經營管理組現場財產盤點複盤作業及監辦營繕組、事務組所辦理之工程、財物及勞務採購開決標作業外，也針對營繕組所辦理工程案件及事務組所辦理之財物採購案件實地參與驗收程序。另主計室每年會至各單位進行現金及收據使用盤點的出納事務查核工作，同樣也會由稽核室一同參與查核工作。此外，2025年主計室針對銷毀98-100年的會計憑證、帳簿，稽核室實際派人押車至鹿草焚化爐，確保憑證如實銷毀並無外流且進行拍照錄影存證。為了提高內部控制制度的有效程度，稽核室針對本校各單位所作的內部控制自評作業進行複核，確保制度運作完善。稽核室針對每年各單位自評結果及內部控制稽核結果據以簽署本校年度內部控制聲明書，近三年皆是簽署「有效」層級。