本校訂定「內部控制專案小組設置要點」，每學期定期召開會議，檢討各單位內部控制實施情形。另設置稽核室為專責稽核單位，並成立「國立雲林科技大學內部控制稽核小組」，協助各單位檢查及覆核內部控制制度實施。

2023年內部控制稽核計畫共針對19個項目進行稽核，其中包含1個專案稽核項目，合計提出31項改善措施或具體興革建議，並於2024年持續追蹤各單位是否已經完成改善。關於追蹤改善情形，稽核室於2022年內部控制稽核計畫所稽核的22個內控項目，並提出共34項改善措施或具體興革建議，並於2023年完成追蹤改善率為91%，未完成部分將由稽核室持續追蹤到完成改善為止。為強化內部控制運作，稽核室除於2023年參與資產經營管理組現場財產盤點複盤作業及監辦營繕組、事務組所辦理之工程、財務及勞務採購作業外，也參與主計室至各單位進行現金及收據盤點的出納事務查核工作，藉由實際參與提高查核效率。