為協助政府規畫調查、分析、保育、建立及推動水土資源、災害防制體系等，且積極提供水土資源及防救災相關研發成果於國際，參與跨國性水土資源保育及天然災害和人為災害防制工作。

為配合我國災害防救法及國家重點發展毒災應變之趨勢，統合運用國立雲林科技大學（以下簡稱本校）及中區產官學研相關資源與技術並掌握科技趨勢，推動毒災應變諮詢之相關研究及服務以配合產業永續發展之目標，於2002年由本校與行政院環保署共同設置「中區毒災應變諮詢中心」（以下簡稱本中心），提供24小時應變諮詢，並啟動資深應變專家技術支援及安全指導建議。

行政院環境保護署為災害防救法毒性化學物質災害之主管機關，於2007年擴大成立全台環境毒災應變隊7隊與全國毒災諮詢中心及監控中心，因此改由本校自行設立並更名為「毒災應變諮詢中心」，並協助環保署於臺中及雲林分別成立「環境保護署環境毒災應變隊」。

為建構無毒健康家園及優質城鄉，配合「建構寧適家園計畫-中區環境事故專業技術服務計畫」需求，環境保護署環境毒災應變隊也於2014年轉型為「環境事故專業技術小組」，本中心亦同步更名為「環境事故應變諮詢中心」。

為了提昇技術小組服務品質及符合行政院環保署建議，本中心於2015年07月30日正式取得ISO 9001：2008版國際驗證、2018年07月31日取得ISO9001：2015版國際驗證，規範本團隊作業符合國際標準。

2019年4月因應台灣化學纖維股份有限公司芳香烴三廠火警事故，於立法院、環保署及雲林縣政府三方共識及推動下，本校也於2020年1月1日起增設麥寮隊，針對雲林離島式基礎工業區麥寮區毒性化學物質運作廠場進行各種臨場輔導、無預警測試、危害預防及應變計畫審視工作、平面配置圖查核及偵測警報設備測試等工作。

本中心組織除了應變化災之技術小組編製，也成立行政推廣組、教育訓練組及毒災資訊組，強化組織架構及打造專業團隊，協助政府機構及產業提供以下業務：

• 協助行政院環境保護署及中部各縣市政府（臺中市、南投縣、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市及金門縣）推動毒性化學物質災害應變相關政策及業務。
• 提供政府機關及公民營機構之毒災應變相關諮詢工作，與國內公私立機構及企業單位建立合作關係及人才的交流，結合產官學三者共同研究提升國內毒災應變及諮詢之科技水準。
• 積極進行產官學之毒性化學物質災害共同研究應變諮詢服務工作，接受國內公私立機構及企業單位之委託從事毒災應變、諮詢相關之專題研究、技術諮詢及教育訓練等。
• 統合及支援本校毒災應變及諮詢相關之教學、實驗及研究，參與校內外其他有關研究計畫，結合毒災應變諮詢相關人力及設備，蒐集毒災應變之最新研究發展技術資料及資訊，提供本校師生及產官學界參考。